Na dzień likwidacji działalności, wystąpi obowiązek sporządzenia spisu z natury pozostałych na ten dzień towarów. Informację o dokonanym spisie z natury, o ustalonej na jego podstawie wartości i o kwocie podatku należnego należy złożyć w urzędzie skarbowym do dnia wysłania ostatniej deklaracji VAT.

Podstawą opodatkowania towarów objętych spisem jest cena nabycia tych towarów lub towarów podobnych, a gdy nie ma ceny nabycia – koszt wytworzenia, określone w momencie likwidacji działalności przez osobę fizyczną. Kwotę podatku należnego z tytułu spisu z natury zamieszcza się w deklaracji VAT.

Spis obejmuje zarówno towary handlowe, jak i środki trwałe czy też wyposażenie, przy nabyciu których podatnikowi przysługiwało prawo do odliczenia VAT. Z art. 14 ustawy wynika, że nie ma znaczenia okoliczność, czy środki trwałe zostały zamortyzowane oraz to, czy elementy wyposażenia są obecnie niewielkiej wartości.

W remanencie natomiast nie ujmuje się tych towarów (niezależnie od ich wartości), w stosunku do których podatnikowi nie przysługiwało prawo do odliczenia VAT.

Istnieją jednak wątpliwości, czy w spisie powinny być ujmowane środki trwałe, przy nabyciu których podatnik odliczył podatek VAT, w stosunku do których minął określony w przepisach czas korekty podatku naliczonego. Dla przypomnienia, okres korekty dla środków trwałych o
wartości powyżej 15 tys. zł netto wynosi 5 lat, dla nieruchomości 10 lat a dla pozostałego wyposażenie do 15 tys. zł okres korekty wynosi 12 miesięcy.

Wątpliwości rozwiał Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej, który w wyroku z 2016 odniósł się do opodatkowania VAT środków trwałych i wyposażenia w następstwie zaprzestania prowadzenia działalności gospodarczej przez osobę fizyczną. Niestety, wyrok TSUE nie jest korzystny dla podatników. Wynika z niego, że zatrzymanie środków
trwałych w związku z likwidacją prowadzonej działalności gospodarczej, nawet jeśli zakończył się okres ich korekty, uznaje się za odpłatną dostawę towarów, zatem należy ująć je w spisie z natury.